新制房地合一課稅採取分離課徵，不必與其他綜合所得合併申報，但仍屬自動申報制。出售房產若隱匿未報，稅捐機關除會發出補稅單之外，還會按照漏稅額加處罰鍰，最高可達補稅額的三倍。
新制規定房地合一利得的法定課稅程序，納稅人（出售房產者）必須在所有權完成移轉登記之次日起算30天內，向國稅局辦理申報，有利得者亦應在申報前繳清稅款。
為便於報稅，財政部初步規劃，納稅人可以跨區辦理房產利得稅申報，不一定要牽就房產所在地稅捐機關。舉例來說，甲在台北工作，將位於高雄的房產出售，甲只需在所有權完成移轉登記之次日起算30天內報稅，至於是選擇高雄或台北的國稅局機關辦理申報，目前並無強制性規定。
因為房地合一利得屬於分離課徵的稅捐，納稅人若未主動向國稅機關申報，或已經申報卻沒有誠實申報利得，發生短、漏報情形時，稅捐機關亦會依據短漏程度，處以不同的罰則處分。
處分最重者為出售房產後，有利得卻完全不申報的案件。依據規定，個人未依規定自行辦理房屋、土地交易所得申報，稅捐機關可依法核定其利得，並發單對未申報房產利得稅者補稅，同時還會再按補稅款處以三倍以下罰鍰。
針對完全未申報房產利得稅者，稅捐機關訂有一套核定利得稅款的辦法，交易價部分，稅捐機關可以運用登錄或自行查得的資料做為交易實價，「成本」除可調查取得，遇無查得資料時，稅捐機關也可以直接按推估資料核定，推估方式是依據原始取得時的房屋評定現值及公告土地現值按政府公布的消費者物價指數調整後的數值為準。至於計算利得可以主張扣除的「費用」，一律是以成交價的5%計算。
這套核定未申報房產利得稅的方式，亦可用於已申報但短漏報所得，或無法舉證及出示證明的房產交易。
主動申報房產利得稅，但經稅捐機關調查發現有短報、漏報情形時，同樣無法逃避處罰。依法短、漏報房產利得稅捐者，需處以所漏稅額二倍以下罰鍰。財政部正在研議，未來將視個別案件的短、漏報情節輕重，在法定二倍罰鍰的額度內，訂定輕重不同的處罰倍數。
【UDN】